| 順位 | 氏名 | 出身高校 | タイム | 記録学年 | 記録年 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 藤本 珠輝 | 西脇工業 | 13:32.58 | 3年 | 2021年 |
| 2 | 中村 孝生 | 前橋工業 | 13:33.7 | 4年 | 1979年 |
| 3 | 服部 翔大 | 埼玉栄 | 13:37.64 | 4年 | 2013年 |
| 4 | 新宅 雅也 | 西条農業 | 13:40.9 | 4年 | 1979年 |
| 5 | 北村 聡 | 西脇工業 | 13:40.98 | 4年 | 2007年 |
| 6 | 富永 椋太 | 鉾田第一 | 13:45.66 | 4年 | 2024年 |
| 7 | 山中 秀仁 | 興国 | 13:46.19 | 2年 | 2013年 |
| 8 | 出口 和也 | 藤代 | 13:47.57 | 4年 | 2010年 |
| 9 | 小松 巧弥 | 倉敷南 | 13:49.50 | 4年 | 2016年 |
| 10 | 野田 道胤 | 上野工業 | 13:49.66 | 4年 | 1996年 |
| 11 | 加藤 光 | 東北 | 13:49.68 | 4年 | 2014年 |
| 12 | 野口 拓也 | 東北 | 13:50.28 | 3年 | 2009年 |
| 13 | 廣澤 優斗 | 真岡 | 13:50.33 | 3年 | 2021年 |
| 14 | 漆畑 徳輝 | 山梨学院 | 13:50.73 | 3年 | 2022年 |
| 15 | 山崎 丞 | 中越 | 13:52.09 | 2年 | 2023年 |
| 16 | 保科 光作 | 東北 | 13:52.18 | 4年 | 2006年 |
| 17 | 分須 尊紀 | 農大二高 | 13:53.44 | 4年 | 2024年 |
| 18 | 平島 龍斗 | 相洋 | 13:53.85 | 3年 | 2024年 |
| 19 | 矢野 圭吾 | 佐久長聖 | 13:54.54 | 2年 | 2011年 |
| 20 | 熊本 剛 | 西脇工業 | 13:54.66 | 3年 | 2004年 |
| 21 | 森 賢 | 鹿児島実業 | 13:54.99 | 4年 | 2009年 |
| 22 | 吉田 亮壱 | 大牟田 | 13:55.52 | 4年 | 2017年 |
| 23 | 本田 匠 | 九州学院 | 13:56.47 | 1年 | 2010年 |
| 24 | 小町 昌矢 | 藤沢翔陵 | 13:56.50 | 3年 | 2016年 |
| 25 | 山口 和也 | 世羅 | 13:56.67 | 4年 | 2019年 |
| 26 | 池田 燿平 | 島田 | 13:57.82 | 4年 | 2020年 |
| 27 | 中川 翔太 | 九州学院 | 13:57.90 | 4年 | 2020年 |
| 28 | 岡 俊博 | 高松商業 | 13:58.3 | 4年 | 1981年 |
| 29 | 辻野 恭哉 | 伊賀白鳳 | 13:58.70 | 3年 | 2016年 |
| 30 | 篠嵜 昌道 | 日体荏原 | 13:58.79 | 4年 | 2010年 |
日本体育大学陸上競技部の5000mの歴代30位までのランキングを掲載しています。
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